Pois é... esse utilitário não é lá muito esperto....
Fica esperto em limpar tudo, pois ele vai mandar todos os pacotes .deb (caso você não os desmarque) pro espaço. Assim, se você tiver instalado a versão 3.0 do OpenOffice na mão (baixando o pacote do site), ou o Picasa e até mesmo o VirtualBox e o Google Earth, não faça isso de olhos fechados, pois nenhum deles irá funcionar depois. Você vai ter que instalar tudo de novo.
Portanto, muito cuidado ao utiliza-lo