Deus do céu, será que eu estou errando os comandos? Eu revisei a documentação do terminal, e não vejo nada de errado... É estranho porque eu mesmo tenho as pastas ~/.compiz e ~/.config/compiz... Entra com o live cd do Ubuntu e vê se você encontra essas pastas... Talvez o comando não esteja localizando por algum outro motivo, sei lá... Se o problema começou com esse plugin que você ativou, então apagar as pastas de configuração do compiz devem resolver o problema.