Só uma dica, o pacote inputenc "ensina" ao latex como reconhecer caracteres acentuados, cedilha, etc.. A opção passada para o pacote indica a codificação usada para salvar o arquivo .tex.
No seu caso você passou latin1, que é a codificação usada pelo windows (acho que algumas distribuições ainda usam), só que o padrão do ubuntu é salvar usando utf8. Tente não misturar as coisas ou terá problema de caracteres inválidos para resolver mais tarde. Eu prefiro usar utf8 mesmo já que só uso ubuntu (passo a opção utf8 para o inputenc) mas na maioria dos editores de texto você pode escolher em que codificação de caracteres salvar (o latin1 corresponde a 8859-15, se não me engano) e pode preferir salvar na do windows caso fique trocando arquivo entre os dois sistemas.