Bem, tenho esse problema muitas vezes, foi esse problema que me fez uma vez mudar pro Kubuntu e voltar pro Ubuntu...
Bem, o problema é o seguinte, às vezes, quando abro um programa pelo Wine ou tenho várias janelas abertas, o Compiz simplesmente desativa e lá em Aparência > Efeitos Visuais fica a opção Nenhum desmarcada. O número de Desktops se reduz à dois! Esse é um problema muito chato! Como posso resolvê-lo?