dobler,
Bom dia. Olha, é muito improvável (pra não dizer "impossível") que essa falha tenha sido causada pelo uso do live CD do Ubuntu. Quando se inicia o computador através de uma distribuição live qualquer, o cache é feito em memória RAM, não há qualquer instrução armazenada em HDD.
É extremamente provável que tenha sido feita alguma alteração na BIOS para que esse erro esteja aparecendo. Em outras palavras: se algo foi alterado, retorne ao padrão anterior.
Outra possibilidade é que tenha sido instalada alguma atualização automática do Windows, mesmo. O Windows Vista é, talvez, o sistema mais instável e potencialmente auto-destrutivo que a Microsoft já desenvolveu. É comum casos de equipamento em "loop" após instalação de atualizações automáticas e etc. Embora esse erro de "falta de NTLDR" seja mais característico do Windows XP...
Soluções: já tentaste entrar no console de recuperação do Vista através do DVD de instalação? Inicie pela mídia e acesse a opção "Reparar o computador", na etapa que aparece nesta imagem:
http://www.guiadopc.com.br/wp-content/uploads/2008/05/2007-07-30_005415.jpgEm seguida, sugiro optares pela "Reparação da inicialização" e, se não der certo, "Restaurar o sistema para uma data anterior" (não é exatemente assim que está escrito, mas é essa a idéia).