[resolvido]
Eu mesmo descobri.
Basta abrir o programa, ir na aba Paths, especificar os diretórios para cada um dos itens, no caso o save que é realizado pelo próprio jogo ficará na pasta que vc designar para Game Boy Advance Saves (battery). Depois de especificado, salve as configurações em File/Save this configuration, feche o programa e reabra.
Abra o rom desejado, jogue um pouco e, de acordo o jogo, localize onde é que vc salva no próprio jogo. Tipo, no jogo que estou jogando (Harvest Moon - Friends of Mineral Town), basta eu pressionar start ou ir em casa e abrir o diário e salvar. Fecha o jogo, o vba e abra-o novamente, ao abrir o jogo, aparecerá a opção continuar (meu caso), se for outro jogo, provavelmente a opção load.
Pronto. Tudo testado e funcionando.
Percebi que cerca de mais de 30 pessoas visualizaram este tópico, como ninguém respondeu, creio que, ou não soube a resposta, ou estava procurando a resposta. Bem, espero ajudar àqueles que tiveram a mesma dúvida que eu. Já que não consegui achar isso na net. Abraço a todos!