Para habilitar a transparência dos menus e submenus do Gnome é necessário ter o compiz e o compizconfig-settings-manager instalados no sistema, vamos aos seguintes passos:
1 - Habilitar o Compiz
2 - Abrir o "Centro de Controle" e/ou ir ao "Advanced Desktop Effects"
3 - Ir em "General Options"
4 - Ir em "Opacity Settings"
5 - Clicar no botão "Novo"
6 - Em "Opacity windows" colocar o conteúdo abaixo:
(type=Menu | PopupMenu | DropdownMenu |)
7 - Na mesma tela, em "Opacity windows values" colocar o valor de sua preferência, no meu coloquei em "80", se deixar em "0" não se vê o menu.