Passei pelo mesmo problema quando estava usando um usb phone. Agora estou com um headset e as coisas estou rolando numa boa.
Outra coisa que também pude confirmar é que a única opção que fica disponível nas configurações do Skype, relacionadas a audio, é o pulse audio. O drop fica travado para as outras opções.
Qual o componente que está usando para fazer ligações com o Skype?
Se for usb phone, esuqece. Tá difícil!
Para atenuar essa situação, usando o headset, fiz o seguinte:
a) configurei (como usuário) a detecção de audio para ALSA com:
gstreamer-properties
b) depois (como root), fiz ajuste semelhante:
dpkg-reconfigure linux-sound-base
c) ajuste do volume do som com (aumentei tudo - como usuário):
gnome-volume-control
Nessa etapa, não lembro se em entrada ou saída, existe um recurso amplificar o som, faça esse ajuste como achar melhor.
Se preferir ajuste o som com:
alsamixer
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