Estranho
Tenho também um dual boot, com windows e ubuntu. Instalei primeiro o windows na primeira partição e o ubuntu em outra reservada para ele. Como não gostei muito do seven, reinstalei o XP, o que logicamente afetou o grub. Então, por live CD restaurei a instalação do grub e nem precisei altera o menu.lst.
Como você não especificou muitos detalhes, o que posso fazer é recomendar que você sempre instale o windows na primeira partição. Em minha instalação eu tenho um Mac instalado em HD diferente. Como esse HD é IDE e o principal é SATA, a minha placa reconhece por padrão o IDE como principal.
Quando precisei fazer a instalação do XP no HD sata a instalação não avançava de jeito nenhum. Sempre aparecia uma mensagem de que não era possível fazer a instalação naquela partição. Só consegui depois que desabilitei o HD IDE na Bios. Aparentemente, o windows não aceita bem a instalação em uma partição que não seja a primeira.