1 - Se tu se refere a virus windows, ele é inefectivo dentro do linux, pois não rodará como um exe padrão. Portanto, não deve ter problemas se ele está ou não em uma partição windows - até o momento que o windows rodar, obviamente!
2 - Seguindo a mesma lógica acima não é possível não, pois o vírus precisa antes de tudo se executar na maquina. Se não existe uma execução capaz de fazer ele mudar de pastas, ele não fará nada no sistema.
Ps.: Claro que não estou considerando a possibilidade do vírus estar escrito em java, e de tu ter java rodando tanto no linux como no win!
