Aqui também, segui várias dicas que até me possibilitaram a alterar para sempre entrar em 1024x768, mas o grande problema é que as bordas das janelas desapareceram e o terminal (algumas outras janelas também) ficaram em branco, sem nada, sem texto, sem botões, etc.
Tudo volta ao normal quando eu deixo sem efeitos no Ubuntu, mas aí eu perco algumas facilidades, como terminal semi-transparente, alguns efeitos de zoom, etc.
Enfim, fucei até não poder mais, virei até a madrugada na net, mas não encontrei nada que solucionasse o problema também.
Lembrando que após alterar o Xorg.conf, tudo fica normal, só quando ocorre a próxima reinicialização é que dá para perceber o estrago feito.
