Não sei... Este script do Ubuntu perfeito pode lhe poupar tempo, mas se dar um problema não sabe-se direito o que foi o causador deste problema. Quando começa abaixar jogos do Ubuntu games sinto esta impressão, que após alguma atualização do sistemas pegando estes repositórios não oficiais pode vir a dar este problema.
Já tive um problema certa vez após uma atualização do sistema que depois não entrava mais no Ubuntu, tive que no fim reinstalar o sistema, sorte que não perdi lá muita coisa, pois costumo de tempos em tempos fazer um backup ou uns backups em DVDs, mas acabei por perder uns arquivos que não havia feito backup.
Acho que Linux deveria ter um programa de restauração de sistema para um período anterior a instalação, semelhante que possui no Windows, isto ajudaria a resolver talvez problemas como que eu tive. E também acho que teria que ter a opção de restaurar o sistema pelo cd de instalação, para ver se conseguimos recuperar o que tínhamos antes no computador e fazer funcionar o sistema.
Em todo o caso espero que consiga resolver seu problema.