Quando tenho arquivos do tipo
filme.avi.001 filme.avi.002 filme.avi.003 filme.avi.004....
nunca peço para que o arquivo final tenha o nome de
filme.avi, coloco algo como
filme_.avi ou filme_completo.avi
e se o nome estiver com "espaço" altero o nome dos arquivos, como no exemplo
filme novo.avi.001 filme novo.avi.002 filme novo.avi.003 filme novo.avi.004....
passa a ser
filme.avi.001 filme.avi.002 filme.avi.003 filme.avi.004....
Acho que você deve considerar o seguinte:
-todos os arquivos tem o mesmo nome?
-as extensões estão corretas? (filme.avi.001 filme .avi.002 filme_.avi.003....)
-em seus testes anteriores você não corrompeu nenhum arquivo?
Da uma lida nisso também
http://ubuntued.info/como-unir-ficheiros-001-002-003-etc-no-ubuntu