Não digite o comando "eclipse" sem ./ .
É o seguinte, quando você digita algo no terminal, ele vai procurar nas pastas /usr/bin e /usr/sbin (se esqueci de alguma, avisem).
Se você não possui um script nessas pastas, ele vai te apresentar um erro, no caso, mandou instalar pelo apt-get o eclipse, que coloca um script nessas pastas.
Como o erro apresentado foi:
root@nsouza:/home/nsouza/Download# ./eclipse
bash: ./eclipse: é um diretório
Vi que você já entrou na pasta eclipse, então, disponibilize o comando "ls -l" dentro dessa pasta.