Botão direito do mause em "aplicações";
Selecionar "editar menus"
Selecione o submenu em que quer adicionar o comando. Por exemplo: Multimídia, ou Som (Não sei os padrões, renomeei alguns dos meus);
Clique em 'nova entrada" ou "new entry"
Adicione o nome (ex.: Afinador)
Adcione o comando: gtkguitune;
Selecione um ícone;
Feche o editor.
Se quiser o ícone no desktop, depois disto, localize "Afinador" na na barra de "aplicações" e arraste o ícone para o desktop. Pronto.