É possível apagar a partição Linux pelo Windows, mas se fizer isso, nem o Windows entrará porque não tem mais a pasta Grub na partição do Linux. Mas acho que se fizer o boot pelo CD (para reinstalar o Ubuntu), o próprio programa de instalação deve consertar o boot do disco. É arriscado, mas eu acho que é possível.
Uma questão que tenho é: o CD de instalação do Ubuntu não oferece a possibilidade de formatar a partição já existente, mesmo que seja um Ubuntu antigo? Isso tornaria as coisas muito mais fáceis. Estou baixando a versão em DVD do Kubuntu e gostaria de saber isso, para me facilitar na reinstalação.