cara usar o Zsnes para fazer isso até rola, mas tem um porem vc tem que usar ou a versão 1.36 ou 1.42 pois são as versão que dão suporte ao netplay, e já que são versões ainda mais antigas que a 1.52 muito jogos ainda não radavão tão bem.
no seu lugar eu baixaria o snes9x-gtk 1.52 que tem suporte a netplay e jogaria através do hamachi criando salas virtuais só para isso que fica bem mais fácil, ah e se o problema for a linha de comando do hamachi é só instalar algum frontend eu recomendaria o haguichi muito bom e simples de usar.
ps: vc tambem poderia testar o MameHub que tem suporte ao mess emulador de consoles e roda snes de boa, e o bom do MameHub que vc entra em uma especie de sala que contem todas as pessoas que estão online dai ve com quem vc quer jogar e pronto, o unico problema é que o sistema ainda esta em face de desenvolvimento e nem conta com uma versão 1.0, mas já da para brincar legal lá.
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,77208.0.html