marcosmetrol
Nao sei qual é seu Ubuntu, mas acho que o san-alex disse, pelo menos aqui no Ubuntu Lucid Lynx é Sistema>Preferências>Som.
Em som, na guia Entrada e em Conector: e selecione Microphone 1 ou 2...
Outra dica é a habilitar o Seletor de sistemas multimídia (caso não esteja ainda habilitado). P/ isso dê Alt + F2, e ao abrir a caixa de diálogo digite alacarte. Vai aparecer a janela do ''Menu principal'', e em ''Menus:'' vc vai clicar na setinha do ''Sistemas''. Vai aparecer Preferencias e Administração. Clique em Preferencias e na caixa à dieita veja se está marcada Seletor de sistemas multimídia. Se não tiver, marque e clique em fechar.
Depois vá em Sistemas>Preferencias>Seletor de sistemas multimidia.
Lá vc escolhe os modulos de áudio.
Desinstale o Pulseaudio não.
Veja se da certo.
Abraço!