Aí está um problema, gostaria de utilizar o unity no Ubuntu 10.04 pois nele o sistema é carregado de forma mais leve e sem bugs. Já testei o 11.04 e até mesmo o 11.10, mas todos travavam muito e era praticamente impossível curtir os efeitos do compiz por exemplo porque por ser um sistema mais pesado ele cortava os efeitos. Vou continuar com o 10.04 mesmo e retirar o Unity, pra mim a evolução do Linux parou no 10.04, as próximas distros têm um desempenho similar ao Windows e isto não me agrada nem um pouco!
Estes problemas que você citou nas versões mais recente do ubuntu, trata-se justamente da adição do unity ao o ubuntu, isso porque
trata-se de uma interface muito nova, em estágio de evolução. No Ubuntu 11.04 ela estava e gestação com relação ao desempenho do ubuntu para com o win, o ubuntu ganha de disparada, mesmo com estes problemas.
Lembre-se que o conflito ocorrido entre unty e compiz dar-se justamente por ambos utilizarem as mesmas dependências,
Mas tem um tutorial que ajuda a instalar os efeitos do compiz no ubuntu 11.10 na seção dicas e truques.
Vejo muitos reclamarem das versões mais atuais do ubuntu, mais eu não tive problemas, simplesmente meu notebook está muito bom "redondinho". Ele é um toshiba com 2 gigas de memoria Hd de 500gigas e processador intel pentium p6200