Não existe nada universal, só o que funciona pra maioria...
Se é pra rodar como um daemon, crie um upstart job, systemd unit, rc.d script e/ou um system V init script. Isso cobre a maioria do gerenciadores usados... ou você pode criar só um (que funcione com o sistema adotado pela distro que você usa), esperando que quem for empacotar pra outra, crie o que for necessário.
Se é pra rodar como um processo do usuário (que iniciou a sessão gráfica), existe o "gerenciador de aplicativos de sessão" ou algo do gênero (dependente do ambiente gráfico escolhido).