Ola
Tanto faz estar em modo seamless ou não, o comportamento do vbox vai ser identico a qualquer pacote que estiver rodando. Por exemplo, quando esta utilizando o Office e abre outro pacote, este vai se sobrepor ao seu office.
Se é que entendi, pois se deixar o vbox sempre visivel em modo de tela cheia ( como o modo seamless) voce não verá nenhum aplicativo que abrir, pois este irá ficar "por trás" da tela do vbox.
Ou voce roda o vbox em janela deixando a mesma em um canto de sua tela, ou voce utiliza uma excelente ferramenta do GNU/Linux que é ter mais de um espaço de trabalho.
Use o vbox num espaço de trabalho exclusiva para ele e outra(s) para seus outros pacotes. Com um simples atalho de teclado ou com o mouse voxe alterna entre os espaços de trabalho e estará tudo resolvido.
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