Eu não gostei do JDownloader e o MiniTube possui alguns bugs.
A melhor solução são estes dois sites que permitem baixar utilizando apenas o navegador, como o Chrome, o Opera ou o Mozilla.
Eu já utilizei sites parecidos para converter PDF em DOC. É bem prático, basta salvar o link na barra de favoritos do navegador para ter sempre a mão.
Agradeço as dicas.