Consegui um progresso aqui, é só instalar o Alacarte, e fazer seu próprio lançador (só indicar o comando, que no caso será o caminho até o seu programa). Ainda vale a dica que passei antes, de copiar um atalho em /usr/local/bin/ e um ícone (com o mesmo nome do executável, no caso o atalho) em /usr/share/pixmaps/ , o legal de fazer isso é que é só digitar o nome do programa no alacarte, não precisa indicar caminho do programa e nem de sua figura.
Após ter criado o lançador pelo alacarte, o programa irá aparecer no dash, aí é só arrastar o ícone para o lançador lateral ou abrir e clicar com o botão direito, e clicar em "bloquear no lançador".
Testei com dois programas, Arduino e Scilab (versão beta), e deu certo aqui.