Olá ubunteiros,
Tive o mesmo problema no meu ubuntu que atualizei a partir do 11.10, no entanto, instalando o Gerenciador de Configurações do CompizConfig consegui resolver o problema facilmente. Ainda fiz algumas personalizações que deixaram meu sistema funcional.
Só pra fazer um teste, abra o nautilus e renomeie as pastas .gconf e .compiz-1 e reinicie o ambiente gráfico. Se não ocorrer nada, só apague as pastas novas e coloque o nome de volta nas pastas antigas e reinicie o ambiente gráfico mais uma vez.