Até onde eu sei o Samba4 substitui o Samba 3.6. Então a resposta seria "sim, tem que desinstalar".
Travamentos ao copiar pela rede poderiam ser originados em HDs com problemas.
Se você já trocou de computador e o problema persiste, tente identificar o que ainda não foi trocado.
PS: O Samba4 não vai resolver o seu problema. Aliás, eu acredito que ao invés de resolver, vc vai é arrumar um problema novo.