Obrigado eucurtoubuntu,
Instalei o BlueGriffon ontem, a versão 1.6.2 mas ele está a fazer o mesmo, retira os códigos das letras acentuadas.
Tentei ver nas preferências se dava para mudar isso, mas ele não me deixa mudar de separador dentro da janela preferências, abre as preferências, mas quando clico nos outros separadores, por exemplo no "avançado", ele não muda para esse separador. Também não me deixa mudar nada no geral, por exemplo quis que os separadores aparecessem à esquerda em vez de à direita, mas não consigo selecionar nada.
Não instalei do site que me indicou, pois não sei como instalar. Descobri um método de instalar pelo apt-get adicionando uma entrada nos repositórios de programas.
Abraço.
David.