Tenho certeza quase absoluta de que seu problema é o mesmo que enfrentei uns meses atrás:
Tenho um notebook Acer Aspire 2920 com entrada S-Video, e através de um adaptador, vi que é possível ligar o notebook em TVs antigas através de entradas RCA (cabos amarelho, vermelho e branco). Testei no Windows XP e funcionou quando pluguei o adaptador. Foi quase que plug 'n play. No entanto, ao fazer o mesmo teste com o Ubuntu 12.04, não consegui fazer funcionar. Ao plugar e tentar configurar o vídeo, não aparecia nada na TV.
Ao pesquisar sobre o assunto, encontrei este link referente a um bug que surgiu em versões mais recentes do kernel do Linux:
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xserver-xorg-video-intel/+bug/763688Segundo o link, a partir da versão 11.04 em diante, passaram a usar uma versão do kernel onde a entrada S-Video não funciona mais. Desde então, cada versão do Ubuntu utiliza uma versão mais recente do kernel, e até hoje, esse problema continua sem solução. Talvez tenha relação com o fato de que kernels mais novos estejam deixando de dar suporte a hardware antigo, e que notebooks com entrada S-Video estejam cada vez mais raros hoje em dia.
Em suma: Qualquer versão do Ubuntu que seja igual ou superior a 11.04, não funcionará a entrada S-Video. Não testei com o 12.10, muito menos com a 13.04 (fora o fato de que o seu caso ocorre com uma Geforce, e o meu com uma Intel).
No meu caso, deixei de usar o 12.04 (à força, por sinal), e uso nele o 10.04 até hoje (por este ainda ser LTS). Assim, posso usufruir da porta S-Video à vontade. Uso ele frequentemente para rodar jogos de emuladores com controles USB plugados, de modo que ele me serve como um "mini-console".
EDIT: Na dúvida, arrume um cd (ou pendrive bootavel) com o Ubuntu 10.04 e veja se no Live-CD a entrada S-Video funciona (pressupondo que você não vá precisar instalar o driver da NVidia para a porta S-Video funcionar). No link acima que lhe passei, vários usuários testaram desta forma e atestaram que funcionou.