Bom, ninguém perguntou mas sempre acaba tendo alguém atrás de uma resposta sobre esses tópicos. O resumo da ópera é esse:
Tenho um HP G42-373BR. Nele vem a placa ATI HD 6370, que pelo visto é famosa por seus problemas de compatibilidade com o Ubuntu nas versões recentes. Para solucionar a questão de superaquecimento a solução foi instalar o Ubuntu 12.04 LTS e instalar o driver proprietário da ATI RADEON, a aterceira opção dos adicionais, isso deixa a placa bem configurada com a versão e não cria maiores problemas. A questão foi que após tudo isso o note continuava bem quente. A solução final foi instalar o software Jupiter, em uma googada vocês acham facilmente, e colocar a opção de otimizar a bateria.
Resolvido, tudo começou a funcionar em temperatura normal e sem perda de desempenho aparente.
Obrigado a todos!