Porque provavelmente você está com duas instâncias que exijam a opção root ativadas. Isso gera esse conflito e nenhuma acaba funcionando.
Para sanar isso faça o seguinte:
Feche todos os programas abertos (se desejar pode encerrar a sessão e entrar novamente).
Depois disso, no terminal (Ctrl + Alt + T) digite os seguintes comandos e vê se volta a funcionar normalmente:
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
Dê <Enter>, digite a senha e <Enter> novamente.
Se aparecer algum erro, post aqui na íntegra a mensagem.