Aqui em casa tenho um HD ATA e um SATA... no SATA tenho o sistema + swap, e uso o ATA como uma espécie de Backup. O que acontece é o seguinte:
Quando você instala o Ubuntu ele coloca o GRUB no primeiro dispositivo, isto é o ATA, quer você instale o sistema no SATA ou não. Como provavelmente sua BIOS está configurada para bootar pelo SATA, ele não bota (pois o GRUB está em outro lugar). Existem duas formas de você safar isto... uma é configurar a BIOS para botar pelo ATA (mesmo o sistema estando no SATA). A outra é desconctar o ATA na hora de formatar e reinstalar o Ubuntu, pois assim ele vai colocar o GRUB no SATA.
Acho que é isto. ^_^ - Ao menos foi o que um leigo como eu conseguiu perceber das instalações que faço aqui.