Não existe erro na administração do espaço do Pen Drive, é que você provavelmente não excluiu os arquivos da lixeira!
Dependendo do ambiente gráfico utilizado, o padrão é jogar os arquivos primeiro na lixeira. Daí ele cria uma pasta oculta chamada .trash, ou algo parecido, e os arquivos estão aí dentro. É preciso mandar esvaziar a lixeira antes de desmontar o Pen Drive para ter o espaço de volta!
Outra maneira é mandar ele excluir o arquivo logo de primeira ao invés de enviar para lixeira. Tem teclas de atalho para isso, mas varia de acordo com o seu ambiente gráfico.