Já tentou usar o beta do 13.10? Pode ser que você consiga resolver seu problema com ele.
Instalar o sistema manualmente, escolhendo a opção "Instalação Avançada" ajuda também. Você sabendo particionar e determinar os pontos de montagem direitinho e saber onde instalar o Grub, já mata 90% dos problemas. Depois é só usar o BootRepair.