Para particionar o disco ele precisa estar desmontado, ou seja, não dá para particionar o disco onde está a instalação que está rodando.
Use o Live CD do Ubuntu para fazer o particionamento, lembrando que o Windows precisa rodar numa partição primária.
Crie uma partição de boot para o Windows no começo do disco com 100 MB. Depois crie uma partição de 40 ou 50 GB para o Windows, também no começo do disco. Instale o Windows e depois use o Boot Repair para recuperar o boot do Ubuntu.