Isso em qualquer programa (como Firefox, terminal, Writer, etc..) ou somente com programas de cálculo (Calc do LibreOffice por exemplo)?
Se é somente para programas de cálculo o motivo é que o "ponto" do teclado numérico é como o de uma calculadora, utilizado como vírgula, não precisamos usá-lo para separar as casas das milhares, isso é feito pela formatação da célula (na verdade isso serve para facilitar o seu trabalho) Não há nada de errado com isso.