Faça um verificação de integridade do disco da partição Windows (checkdsk)
Aplique o desfragmentador do Windows
Desabilite a função de hibernação do Windows
Deve ser possível desabilitar abrindo um prompt de comando como Administrador e fazendo:
powercfg.exe /hibernate off
O Windows precisa ser desligado totalmente e pelo modo normal, isto é, não pode ter sido desligado pelo modo hibernação.
Estou supondo que você **não** esteja usando "Dynamic Disk", isto é, esteja de fato usando "Basic Disk" (particionamento em discos básicos comuns). O Ubuntu não pode ser instalado em Discos Dinâmicos (certifique-se disso).
Como vocẽ diz que já deixou uma área não alocada reservada (o que chamou de disco E), então suba o sistema por um live-iso (live-pendrive ou live-cd-dvdroom - Experimentar o Ubuntu sem Instalar) e use o GParted e já deixe criada e formatada (ext4) as partições de que precisa (dependendendo de como pretende fazer, raiz, home e swap ou raiz swap ou quantas e como pretender).
Em princípio o seu sistema já tem duas partições primárias e só pode criar mais duas primárias (4 no total) ou mais uma primária e uma estendida (geralmente será a melhor opção) onde irá criar as partições lógicas.
Enfim, deixe o particionamento pronto e já formatado para não ter que fazer isso pelo instalador.
É claro que tendo feito previamente pelo GParted você saberá as identificações das partições criadas e formadas, se o caso use o fdisk -l, melhor ainda o parted -l, além de ser possível ver pelo próprio GParted.
Com as partições prontas, formatadas e corretamente identificadas (sda3, sda4, etc), então inicie a instalação usando o ícone do Desktop (Instalar o Ubuntu).
Quando aparecer a tela "Tipo de instalação", escolha a última linha, isto é, "Opção avançada" (Você pode criar ou redimensionar partições manualmente ou escolher múltiplas partições para o Ubuntu), ou seja, ***NÃO*** utilize a primeira opção que é instalar lado-a-lado, você deverá manualmente indicar onde quer instalar.
Na relação de partições que aparecem escolha aquelas que já previamente havia criado pelo GParted e formatadas, a seguir identificando onde gravar o grub e fazendo a instalação.
Vamos ver se assim vai.