Sempre que for atualizar verses LTS (Longo tempo de suporte) prefira uma instalação limpa do sistema. É possível que alguns bugs estejam ligados ao processo de atualização que não é 100% confiável.
1. Toda vez que ligo o note, e realiza um scan completo do disco.
Não se preocupe, é bom que ele faça essa verificação, seu disco pode ter algum setor defeituoso. Não se preocupe com isso, a menos que estaja demorando muito na verificação.
2. A barra de ícones do Libre Office ficou preta, não sendo possível ver os labels do botões.
Basta você atualizar a versão do seu libre office para a que está compatível com a do ubuntu 16.04. Aconselho:
sudo apt-get remove libreoffice
sudo apt-get install libreoffice
Feito isso, ele irá remover a versão antiga e depois você vai instalar a versão estável do repositório.
3. Em outras janelas as fontes dos labels das abas ficaram com a cor branca.
Tente isso:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Esses comandos vão atualizar os repositórios e instalar as atualizações dos mesmos.
4. A carga máxima da bateria fica em 79% e não passa disso, mesmo tendo deixado o note conectado durante toda a noite.
Parece está viciada. Experimente retirar a bateria (se possível) e colocá-la novamente. Se não resolver, fique utilizando o notebook sem o carregador e espere a bateria descarregar completamente. Feito isso, coloque ele para carregar e veja se ela deixou o vício.