Em situações normais (BIOS convencional, ou UEFI no modo Legacy e um único disco) é isso mesmo, primeiro instala o Windows e depois o Linux, pois o Windows ao se instalar sobrescreve a MBR e apagaria o que estivesse lá, daí a observância a essa ordem de instalação.
Entretanto, nesse caso de dois discos e um sistema operacional separado em cada um deles dá para fazer um pouco melhor e de tal forma que futuras reinstalações, mesmo do Windows, não atrapalhe e boot do outro sistema.
Apenas como exemplo genérico, vamos supor que a instalação se dê da seguinte forma:
Windows --> sda (disco 0)
Linux --> sdb (disco 1)
Ao instalar o Windows ele irá gravar a MBR do disco sda (disco 0)
Ao Instalar o Linux, mande instalar o grub, que é o bootloader, em sdb (disco 1).
Na tela de instalação é a parte de baixo que se indica onde instalar o grub.
Observe a linha onde está: "device for boot loader installation" (= "Dispositivo no qual instalar o carregador de inicialização")
Nessa linha indique /dev/sdb
Depois no setup da máquina (BIOS) coloque para que o
boot se dê pelo disco 1 (sdb).
Dessa forma ficam ambos os sistemas independentes e qualquer reinstalação não mais interferirá no outro sistema instalado.
E já que vai mesmo formatar e reinstalar tudo, experimente particionar o disco do Linux em GPT, nada obstante possivelmente o setup do seu sistema seja BIOS convencional.
É isso mesmo que estou dizendo, é perfeitamente possível usar particionamento GPT em BIOS convencional.
Dessa forma, fazendo o particionamento em GPT, sai das antigas amarras da limitação de partições primárias e necessidade de criar partições estendidas. No GPT é tudo primária e muito mais fácil de alterar o particionamento quando por qualquer razão se quiser.
Tenho usado aqui com muito bons resultados.