Primeiro verifique se dentro da pasta do nautilus sem que seja selecionado nenhum dos itens. Clique
com o botão direito do mouse, no menu que se abrir, aparece um item de nome scripts, talvez seja
necessário a instalação do pacote nautilus-scripts, se existir dentro dela tem um item de nome "ir para
a pasta de scripts", dentro desta pasta crie uma nova pasta chamada por exemplo de "1 - Converter
Vídeos"
Copie e cole este conteúdo para um arquivo de texto.
#!/bin/bash
# Converter arquivos wmv para avi
mencoder %1.wmv -ofps 23.976 -ovc lavc -oac copy -o %1.avi
Salve como wmv para avi dentro desta pasta criada, o caminho deve ser /.gnome2/nautilus-scripts/1 - Converter Vídeos
Para converter você seleciona o arquivo wmv, clica com o botão direito do mouse sobre ele vai em
scripts ->1 - Converter Vídeos -> wmv para avi
Deverá ser criado o novo arquivo "avi", dentro da pasta atual.
Se não entendeu algo, volta ai, quanto a converter em massa não sei se é possível.