O problema é que:
1º Despadroniza o sistema. Os aplicativos do KDE não vão entrar no tema do gnome
2º Demora pra abrir. Programas do KDE demoram mais pra abrir pois tem que abrir todas bibliotecas.
3º Perde performance simplismente pelo fato de que como ele abre as bibliotecas, fica mais coisa consumindo memória. Mas também não é muito não.
Da pra usar numa boa. Eu uso Skype aqui que é pra KDE no GNome...