Nunca tentei isso, eu particularmente gosto de ver o que está atualizando!
Entre no synaptic, vá em Configurações / Repositórios depois na aba "Atualizações pela Internet".
Eu não sei exatamente o que você quer mas o que se refere a baixar e instalar as atualizações automaticamente são as duas ultimas caixas:
"Obter atualizações automaticamente, mas não instala-las"
"Instalar novas atualizações de segurança sem confirmação"
Não sei se você precisa marcar as duas. Mas o caminho ta aí!