Pelo synaptic, se você clicar em "remover" ele removerá o programa mas não a pasta onde ficam suas configurações pessoais. Se clicar em "remover completamente" ele removerá o programa e a pasta de configurações também, assim você perde tudo que havia configurado para o programa em questão.
espero que isso ajude em algo, mas não entendi bem a sua dúvida...