Os programas em java sempre se mostraram bastante lentos...
Mas se você diz que antes o desempenho era melhor na mesma máquina então há algo errado.
Primeiramente, acho que você deveria testar outros programas em java pra ter certeza se o problema é com o java ou com o azureus especificamente.
Caso seja com o azureus talvez excluindo a pasta ".azureus" na tua home acabe o problema. Ou mesmo uma reinstalação.
De qualquer forma seria interessante você testar outros programas em java, e se for realmente um problema com o java posta aqui que a gente te ajuda.
Nesse caso, o primeiro passo seria desinstalar o java anteriormente instalado pelo automatix, e instalar a versão dos repositórios via synaptic.