Complementando a bela resposta do clcampos, lembro aqui que o uso do nautilus como root também traz a segurança da "lixeira", onde vc. pode buscar eventuais arquivos deletados por engano. Ela está na pasta do root (/root/.Trash) e para acessá-la basta um "Ctrl + H", usado para "enxergar" os arquivos ocultos.