Verifique se o processo de Mysql está ativo, em seguida "mate" o mesmo.
ps -aux | more
Use o comando acima para ver pausadamente se existe algum processo referente ao Mysql, caso sim, derrube o mesmo com o comando:
kill -9 númerodoprocessolistadopeloPS-AUX
Feito isso, tente novamente.
Caso não dê certo entre em contato para verificarmos outras saídas.