Eu usava o firefox comum mesmo direto do meu pendrive (128MB) e zipava a pasta home (C:\Documents and Settings\NOME_USUÁRIO\Dados de aplicativos\Mozilla...), ou seja, tudo o que está dentro da pasta do perfil (uma pasta com um nome muito doido) e salvava no pen caso a máquina fosse formatada. Nela ficavam minhas extensões, temas, bookmarks (uso o foxmarks, não faz diferença) e as configurações de usuário.
Quando era formata ou era preciso trocar, eu abria o firefox 1 vez para que ele criasse a pasta, fechava e extraía o conteudo do ZIP para dentro de uma outra pasta com nome maluco que era criado e pronto! Ambiente sempre salvo.