Não cara. Desde que eu me conheço por gente o Gnome não deixa o Systray Opaco. E tbm não deixa a borda do painel. Se você diminuir o painel pra não pegar de ponta a ponta, a borda dele não fica transparente.
O pessoal tem recorrido ao gdesklets pra contornar esses problemas. Mas ele é muito pesado.