Isso acontece porque quando você mata o X, alguns programas ainda estão rodando em background. Você vai perceber que há ainda programas, inclusive o nautilus, rodando. Para ver o quanto isso é verdade, experimente matar o X, em seguida ir para um terminal com Ctrl+Alt+F[1 a 6], entre com login e senha e em seguida digite: ps axu |grep kakita
Digamos que a saída sejakakita 5782 0.0 0.0 2840 664 ? S Feb09 0:00 /usr/libexec/gam_server
Assim, o melhor é esperar o processo terminar ou matar com kill -9 PID (no caso o PID é 5782).
Quando tiver tudo zerado, só o bash do seu usuário, então pode dar login no GDM.