Boas felipsantos,
voce já tentou um chkdsk /f em terminal no windows para ver se não é problema de fragmentação ?
Analizando rapidamente seu problema, parece que ele não tem nada a ver com o fato do linux estar no seu Hd.
Veja:
O Grub ( Grand Unified Bootloader )
funciona da seguinte forma =>
primeiro estágio => carrega o grub e identifica as partições no Hd;
segundo estágio => se linux monta as partições, identifica o sistema e roda um miniaplicativo para chamar o kernel. Se windows passa direto para o aplicativo ntdetect.com e se torna transparente ( o Windows não reconhece as partições Linux )
Logo eu acredito que com Linux ou sem ele voce teria tela azul de qualquer forma.
O fato de voce entrar em modo de segurança e depois carregar o sistema normalmente pode indicar dois problemas, um, o Hd está com os descritores de segurança corrompidos ( corrigir com checkdisk : chkdsk ) na partição NTFS ou, dois, algum driver está corrompido ( o que também pode ser corrigido com o chkdsk ou reinstalando o driver com pau.
O modo seguro do Windows carrega os drivers de serviço, ou sejam os genéricos para o sistema funcionar, não carregando os programas e drivers específicos.
Se depois de um chkdsk /f continuar tela azul, entre no Windows, de um executar e digite=> msconfig <enter>
Desabilite tudo e reinicie, vá habilitando as opções uma a uma e, a cada reboot e veja qual trava o sistema.
Sabendo o causador, reinstale o programa "marvado" ou corrja o problema de driver.
Nada a ver com o fato de seu Hd ser SATA ou IDE. Bios de máquina com pau para SATA, o Windows nem instala pois ele não reconhece os SATA ( Win XP sem service pack ) Em algumas boards o Windows reconhece discos SATA como removíveis e teima em por o Icone de remover hardware na barra de tarefas por exemplo.
Se fosse problemas de SATA nem no modo seguro iria entrar.
Se nada resolver, corra o memtest ( no grub ) e veja se seus pentes de memória não estão com problema.
[],s