Para verificar a integridade de um CD, quando se dá o boot por
live-cd, entra-se na ultima Opção do Menu, não me lembro o termo usado, mais é algo como "Verificação de Mídia", para se saber a integridade do CD. Para assim instalar o sistema com segurança.
A partição do Ubuntu, provavelmente foi formatada em ext3/reiserfs, faça boot por um live-cd, e use o Gparted para reformata-la para outros formatos. Para atribui-la a o Window$, formate em
ntfs.
Torço para que tentes novamente fazer a instalação e que uses o Ubuntu como sistema principal.