Realmente, a maior é esta portabilidade, você pode formatar a partição raiz, instalar outra distro, até mesmo uma versão mais atual da distro corrente, e utilizar da mesma /home, com seus arquivos e preferências pessoais. Outra vantagem talvez seja na segurança de seus dados pessoais, nada muito considerável, mas por estar em partição separada, podem ser salvos caso a instalação principal venha a corromper-se. (casos raros)